Organização
Vinculado à Vice-Direção da Escola de Governo em Saúde, o CAAP não possui estrutura organizacional interna formal. Possui uma coordenação geral e analistas de projetos que realizam as atividades necessárias ao desenvolvimento dos projetos.
Estas atividades estão separadas em duas subáreas. A primeira abrange a fase inicial dos projeto que abrange as atividades de elaboração do projeto básico, cronograma, orçamentação, negociação, definição do instrumento contratual, avaliação da necessidade de apoio da Fiotec e a respectiva abertura do processo administrativo, quando couber; cadastrar o projeto no SISAP e finalmente a realizar a sua implementação.
A partir da implementação, o projeto passa a segunda subárea que é a execução e finalização. Nesta área é feito o monitoramento do projeto conforme o cronograma. Este monitoramento envolve as parcelas a serem recebidas; os pagamentos realizados à Fiotec, quando couber; o recebimento de relatórios de execução; a necessidade de prorrogação; manter os dados atualizados no SISAP; elaboração e Termos Aditivos nos instrumentos contratuais, a prestação de contas e o encerramento do projeto com todas as providências necessárias.